有「天然紀念物」稱號的奈良鹿深受在地居民與遊客的愛護，根據日媒《讀賣新聞》報導，近期日本福島大學的研究團隊在美國哺乳動物學會雜誌上發表一篇論文研究，文中提到在奈良公園生活的鹿群具有一種獨特的基因型，此種基因型在紀伊半島其他地區的鹿身上都找不到，學者說明，奈良公園的鹿約有1200頭，根據歷史傳說，西元768年「春日大社」創建之際，這些鹿就被認定為「神的使者」並加以保護，甚至在隨後明治時代還設立「禁殺區」，而後政府更指定這些鹿為「國家天然紀念物」。
學者為了查明奈良鹿的起源，特地從奈良、和歌山、三重、京都等4縣共30個地點找來294頭因交通事故或其他意外死亡的鹿隻，提取DNA之後對比基因型，發現牠們原本是同一群鹿種，但是其中32隻來自奈良公園的鹿卻有著「獨一無二的基因型」，學者結論，1400年前奈良神鹿被從原始種群隔離出來，因此該地的鹿在代代繁殖過程中產生獨特的基因型。研究團隊成員之一的副教授兼子伸吾（Shingo Kaneko）表示：「一直以來奈良公園周圍的鹿群都受到人類細心呵護，如今科學也證實了確實如此。」。
「春日大社」的神社負責人花山院弘匡也在聽聞奈良神鹿擁有獨特基因消息之後，驚訝地向媒體說道：「我們一直以來都將奈良公園的鹿當作『神的使者』小心保護著，得知牠們在科學定義上也屬於『特別的』時，真的很訝異！牠們也成為人們思考自然、人類與動物如何相互關聯、影響和共生的重要存在了呢！」。
