桃園機場捷運為連結桃園機場、邊境管制的重要防護網，在桃園市長鄭文燦的指示下，從農曆過年前即開始全面升級車站、車廂、以及第一線工作人員的防疫機制和作為。隨著疫情變化，桃捷公司秉持料敵從寬、禦敵從嚴的務實態度，超前部署超前整備各項防疫措施。桃捷公司兩階段完成紅外線熱像測溫儀設置，第一階段於3月中旬完成A1台北車站、A12機場第一航廈站、A13機場第二航廈站、A18高鐵桃園站紅外線熱像測溫儀設置；第二階段於3月底，完成全線車站紅外線熱像測溫儀設置。桃捷公司強調，對於發燒旅客搭乘捷運的規定，將依照中央流行疫情指揮中心的統一規範因應處理。
桃捷公司表示，為加強旅客搭乘桃園機場捷運的安全防護，鄭文燦優先調撥一台紅外線熱顯像測溫儀予桃捷公司，預做人員操作訓練及測試之用。更已於2月11、27日針對疑似染疫旅客發生狀況進行防疫預演。3月5日，鄭文燦亦將視察桃捷公司超前部署防疫演練，就紅外線熱顯像測到發燒旅客，以及車站發生疑似染疫旅客之處置，進行相關防疫作為預演，希望透過超前整備、超前部署建立防護網，提供旅客安全、安心的乘車環境。
防疫視同作戰，面對新冠肺炎疫情，桃捷公司防疫工作小組也升級為防疫應變小組，匯集各單位資訊，力求防疫措施滴水不漏，全方位保障旅客以及員工健康。在車站防疫措施部分，針對旅客量高的重點車站，從每4小時清潔消毒，升級為每2小時進行清潔消毒，旅客常接觸設備（電梯按鈕、手扶梯扶手、售票機等）則每小時重點式消毒；機場捷運其他車站，也從每8小時清潔消毒，升級為每4小時進行清潔消毒，旅客常接觸設備（電梯按鈕、手扶梯扶手、售票機等）則每2小時重點式消毒。全線車站提供75%酒精供旅客消毒。車廂則每天出車前完成清潔消毒，線上列車則於端點站發車前，再進行車廂扶手清潔消毒，並且加強空調換氣，直達車開啟空調電漿殺菌模組，強化車廂內空氣品質，減少病菌滋生機會。
桃捷全體員工是公司最重要的資產，從過年期間，已啟動第一線工作人員(站務員、司機員、志工、保全、清潔人員)量體溫、戴口罩、酒精消毒等健康自主管理。現在更擴大全體員工每天健康自主管理。防疫期間，確保旅客、員工健康是桃捷公司首要工作。更呼籲搭乘桃園機場捷運旅客請全程配戴口罩、若有身體不適請盡速就醫，一起為防疫努力！
