國際新冠肺炎疫情嚴峻，台灣邊境管制持續緊縮。桃園大眾捷運公司配合國家邊境管制政策-入境旅客一律不得搭乘大眾運輸工具，讓以機場旅客為主的桃園機場捷運運量持續受到影響，109年2-11月平均日運量較108年平均日運量減少約39%，其中機場航廈站(A12、A13)進出站平均日運量驟減75%。桃捷公司權衡市場供需及旅客需求，原定109年第三階段(9月30日至12月31日)調整直達車離峰時段班距，將再彈性延長至110年6月30日。在實施調整直達車離峰時段班距措施期間，將視疫情、邊境管制等情況，評估旅客需求，進行滾動式調整。
桃捷也提醒旅客，彈性調整直達車離峰時段班距期間，直達車平日上午9點至下午5點，以及下午7點至晚上10點調整班距為每30分鐘一班，直達車假日班距一律調整為30分鐘一班。普通車則維持通勤旅客服務，時刻表不變，詳細時刻表請參考各車站及官方網站公告。
109年12月1日起，中央流行疫情指揮中心啟動「秋冬防疫專案」。其中，搭乘大眾運輸工具需全程佩戴口罩，桃捷公司提醒旅客，進入機場捷運車站須全程佩戴口罩，未佩戴口罩旅客將進行勸導，若勸導不聽者，地方政府可依傳染病防治法第70條第1項第3款規定，處以新台幣3000元以上、1萬5000元以下罰鍰。
