衛生福利部為回應民眾愛心，協助臺鐵408班次太魯閣號事故受災民眾，即日起至4月30日止接受民眾捐款，新增網路銀行、ATM轉帳捐款，並自4月5日零時起，與7-ELEVEN、全家、萊爾富、OK便利商店等四大超商合作，提供民眾多元捐款管道。民眾可運用網路銀行、ATM轉帳，或至鄰近超商捐款，協助傷患後續醫療、生活及社會重建相關費用，及提供罹難者家屬之經濟支持。
衛服部表示，民眾可利用以下捐款專戶進行捐款，1.國內部分：(1)民眾可使用自動櫃員機(ATM)、網路銀行進行捐款，收款銀行為臺灣銀行(004)，捐款帳號003001727277、戶名為「衛生福利部賑災專戶」。亦可至臺銀臨櫃存款、臺灣行動支付(臺灣pay)轉帳辦理。(2)民眾可使用郵政劃撥方式(帳號50269506)，戶名為「衛生福利部賑災專戶」，並新增自動櫃員機(ATM)辦理金融卡跨行轉帳捐款，金融機構代號700、帳號700001050269506。(3)民眾可至金融機構臨櫃匯款，帳號270750「中央銀行國庫局」，戶名為「衛生福利部賑災專戶」。(4)民眾可至四大超商門市透過7-ELEVEN的ibon、全家便利商店的FamiPort機台、萊爾富的Life-ET、OKmart的OK‧go，捐款到衛福部賑災專戶。民眾只要在超商門市多媒體終端機，點選「0402太魯閣號事故(衛福部)」，並依指示輸入資訊與捐款金額，列印繳款單後，至櫃檯繳費即可完成捐款。相關捐款手續費將由該公司自行吸收，不會向民眾收取任何費用。代收捐款金額為100元~2萬元。
2.國外部分：國外民眾捐款帳號是007-09-11868-0「兆豐國際商業銀行國外部」，戶名為「衛生福利部賑災專戶」。
3.以上均請指定用途為：「0402太魯閣號事故案」，並於匯款單或郵政劃撥儲金存款收據空白處敘明捐款用途，另將捐款人姓名、電話及收據寄送地址，傳真至02-85906065，或將相關資料檔案以電子郵件寄至[email protected]，以利寄送收據。
社會救助及社工司司長楊錦青指出，透過超商門市捐款的民眾，勾選「索取捐款收據」，將由衛福部於捐款活動結束後統一寄出收據。並同步將捐款資訊公開徵信於衛福部網頁，方便民眾查詢。
金管會則表示，除向罹難及受傷乘客表達哀悼致意外，對於各界之愛心捐款，銀行公會、財金資訊股份有限公司暨全體銀行業為共盡心力，自110年4月2日起至4月30日止，採行相關交易免收手續費之措施。
民眾以下列方式捐款者，免收跨行交易手續費，其中網路銀行、ATM轉帳及全國性繳費(稅)平台等三方式將採先收後退費方式辦理。跨行匯款，網路銀行轉帳，ATM轉帳，全國性繳費(稅)平台，台灣行動支付轉帳，郵政劃撥方式。
