桃捷公司配合中央流行疫情指揮中心加強疫情足跡管控，已在19日於全線21車站出口閘門、詢問處設置「簡訊實聯制QR Code」系統，加強宣導購買單程票及未記名票卡旅客進、出站務必進行實聯制登記。為鼓勵民眾配合政府防疫措施，桃園市長鄭文燦21日至A18高鐵桃園站視察民眾使用「簡訊實聯制QR Code」情形，以及因應全國疫情三級警戒，機場捷運防疫升級作為。
鄭文燦也實際體驗「簡訊實聯制QR Code」系統，簡單三個步驟只需要五秒鐘就可以完成實聯登記，鄭文燦說，目前機場捷運和市區公車皆採用行政院版本的「簡訊實聯制QR Code」系統，覺得非常便利，呼籲搭乘機捷使用單程票和未記名票卡的旅客，在進出站時都能掃碼登記，落實執行科技防疫。機捷目前約有接近七成旅客使用電子票證、接近兩成使用有記名的通勤定期票，希望使用電子票證旅客也都能完成記名，並多多使用行動支付減少接觸風險。
因全國疫情三級警戒，桃園機場捷運每日運量減少至兩萬多人，經桃捷公司審慎評估旅客需求，務實調整營運資源於5月21日至5月30日實施離峰時間直達車不運行短期措施、普通車維持正常營運，希望可以降低營運成本，盼旅客支持與體諒。
桃捷公司為完善防疫管理機制，除配合政府防疫措施全面應用「簡訊實聯制QR Code」系統宣導民眾落實登記，也呼籲使用電子票證（悠遊卡、一卡通、icash及happycash）的旅客要完成記名登記，更鼓勵旅客多使用行動支付，包括信用卡感應過閘(VISA、MasterCard、銀聯、JCB)、電子及第三方支付（支付寶、LINE Pay）乘車碼過閘以及桃捷通勤定期票，不僅可減少接觸風險，也可以直接快速感應通過閘門，更可以協助政府掌握旅客進出站紀錄落實科技防疫。
為防堵新冠肺炎疫情持續升溫，桃捷公司5月17日至6月12日加密全線車站全面消毒作業為每周一次，也已於全線車站、列車、廠辦導入「長效型主動式消毒」作業，全面提高旅客與員工安全乘車環境與工作環境。桃捷公司再次呼籲旅客進入捷運站搭乘機捷務必全程佩戴口罩，未戴口罩不得搭乘，且地方政府可依傳染病防治法第70條第1項第3款規定，處以新台幣3千元以上1萬5千元以下罰鍰，且進出車站使用75%酒精消毒、配合紅外線體溫量測機制、保持社交安全距離，大家防疫一條心，共同打造安心乘車環境。
