為有效控制新冠肺炎疫情，中央流行疫情指揮中心實施全國三級警戒，宣布全國各級學校停課，減少跨縣市移動、鼓勵民眾假日不外出，讓平日肩負北北桃通勤、通學的桃園機場捷運運量比起今年1至4月平均日運量減少約7成，假日運量更減少超過8成。桃捷公司在審慎評估旅客及營運需求後，為減少過剩運能供給，實施直達車離峰時段不運行措施(平日上午9點至下午5點、下午7點至晚上10點，假日全時段直達車不運行）。將於6/5起，再實施普通車減班措施(假日全天普通車班距調整為30分鐘一班；平日維持15分鐘一班)，以維持服務搭乘機場捷運通勤旅客。疫情期間，桃捷公司將隨時評估旅客需求滾動式調整營運模式，並儘速對外公告，懇旅客給予支持和體諒。
桃捷表示，自5/15中央流行疫情指揮中心宣布雙北三級警戒，呼籲民眾減少城際之間移動，在民眾高度配合防疫政策下，讓機場捷運不僅通勤旅客降低，假日亦無休閒旅客。桃捷公司統計5/15至5/31假日平均日運量為9,750人次，相較110年1月至4月假日平均日運量，下降約77%；5/19中央流行疫情指揮中心再宣布全國進入疫情三級警戒，讓5/19至5/31假日平均日運量再下滑至7,494人次，相較於110年1月至4月假日平均日運量，下降約82%。
桃捷公司因應全國新冠肺炎疫情三級警戒，實施短期調整列車運行班距措施，並同步啟動電聯車專案保養作業，包括車門保養、煞車卡鉗保養及空調優化等工項，在疫情調整營運模式期間，希望透過改善列車作業系統，提升捷運系統可靠度及維持良好硬體設備狀態。同時，也加強運務人員專業技能訓練及緊急應變能力，桃捷公司在防疫期間養精蓄銳、優化列車維修保養、精進員工專業能力，以提供旅客更優質的安全服務(詳細時表請於2日上午10點至官網查詢 )。
