有關行政院「孩童家庭防疫補貼」報載有家長反映，多次嘗試登記均顯示「孩童非補貼之對象」或「資料不存在本次補貼資料庫」，教育部澄清，這一屆(109學年度)國小六年級全部應屆畢業生孩童，本屬於「孩童家庭防疫補貼」發放對象。
教育部表示，109學年度的小六生是97年9月2日～98年9月1日出生的孩童，本即屬於「孩童家庭防疫補貼」的發放對象(經與戶政及健保資料比對人數為194,029人)。如屬97年9月1日前出生但仍在國小就讀或國小應屆畢業之孩童，也為本次補貼發放對象，發放方式納入第二階段辦理。
教育部指出，只要是本國國籍並為國小以下（含應屆畢業生）孩童或國中、高中、五專(前三年)身心障礙學生，均為本次行政院孩童家庭防疫補貼發放對象，請家長放心。為讓家長可以透過網路及ATM快速領取孩童家庭防疫補貼，且不用檢具證明文件，因此，此次作業是以串接戶政系統及健保系統所組合而成，並以孩童的健保卡號及父母或監護人的身分字號作為領取的依據。
因是首日申領，家長可能對於所要輸入的欄位尚未熟悉，有將健保卡號輸成身分證字號，而出現資料錯誤的情形。教育部建議如出現孩童非補貼對象或資料不存在等資料輸入有誤相關訊息，可能是誤植資料導致無法勾稽，建議申請人可再核對資料正確性，如仍無法申領，則請撥打教育部紓困專線0809-098001（免付費專線）或02-7752-3766，由專人受理後送查詢。
行政院孩童家庭防疫補貼網，於15日上午10點準時上線，讓國小以下孩童及國中、高中、五專前三年身心障礙學生的父母或監護人透過網路，不用出門安心快速的申領。截至下午6點已有922,084人完成登記，網路的查詢功能於6月18日起開放使用，屆時申請人可再上網查詢核驗結果及入帳情形。
