在台北市立動物園內，有一處與行政院農業委員會林務局共同合作成立的「野生動物收容中心」。考量外部干擾及人畜共通傳播病的潛在風險，因此收容中心並未開放給一般遊客參觀。「野生動物收容中心」是在1996年時由林務局與動物園共同合作成立，協助收容的瀕危物種以爬蟲類的陸龜、淡水龜、蛇類和蜥蜴為主，兩棲類、哺乳類及鳥類為輔。
台北動物園表示，「野生動物收容中心」每年持續有保育類動物透過救傷收容體系進入，但礙於國際規範及疫病防治等考量，少有動物能於短期內返回原生棲地，而留在收容中心的動物除了教育展示外，更持續與國際間保育單位進行專業交流，讓收容的瀕危動物有機會建立域外衛星族群，透過繁殖維持個體數及遺傳多樣性、與野外研究人員進行保育合作、保存遺傳物質與相關資訊、甚至參與野放追蹤等工作。收容中心除了照顧好這些瀕危動物的健康，也嘗試透過各種方式，為這些在野外存續大不易的物種盡一份心力，翻轉牠們的瀕危趨勢。
在2003年，收容中心成功繁殖查緝收容入園的緬甸星龜，為全球首例，後來更與美國「貝爾勒龜類中心」簽署瀕危龜類保育合作協定，協助緬甸星龜重返棲地。台北動物園做為歐洲動物園暨水族館協會的會員之一，也實際參與跨國跨機構合作的域外物種管理計畫，針對射紋陸龜、安哥洛卡陸龜及亞達伯拉象龜，依照專家群及計畫協調人的安排調度，照養並繁殖這些瀕危陸龜，同時與其他能夠提供良好環境且有能力進行繁殖的動物園或保育機構合作。
除了陸龜之外，台北動物園跟「奧地利龜島保育研究中心」於2017~2018年間，陸續透過物種交換引進安南龜、黑頸烏龜和羅地島蛇頸龜等極危（CR）與瀕危（EN）保育等級的物種，109年陸續有羅地島蛇頸龜成熟個體開始交配產卵，近期順利孵化的幼龜正穩定成長中。而安南龜及黑頸烏龜也陸續成長，族群整體接近性成熟階段，相信在不久的將來就會有健康的後代持續誕生。
台北動物園強調，在台灣本土物種的部分，收容中心最常收到因查緝走私入園的食蛇龜及柴棺龜，截至目前為止，動物園已經於合適的棲地野放部分的個體，也跟特生中心、中興大學、屏科大等團隊分別進行野放追蹤工作，讓本土的保育龜類行動能持續往前邁進。走私貿易的野生動物經過暗黑的運輸過程，流離失所而被拯救到野生動物收容中心，動物園除了提供一個合適的環境讓牠們健康成長生活之外，更期望透過國際間保育單位的合作交流，為這些動物的原生族群存續，多增加幾分正能量。
