針對民眾黨稱，法務部調查局函文認定柯文哲使用政治獻金賸餘款支付員工薪資「未違法」，台北地檢署昨（17日）晚間嚴正澄清，該文件僅為調查局回報情形，非「法務部回函」，檢察官偵查後認定用於木可公司、眾望基金會員工薪資不符規定，涉公益侵占，已依法提起公訴。
民眾黨立院黨團主任陳智菡17日上政論節目表示，柯文哲辯護人曾出示調查局函文，內容指參選人政治獻金賸餘款得支應人事與公共關係費用，屬於合法用途，她據此認為，柯文哲支付部分基金會與公司員工薪資，並未違反《政治獻金法》。
北檢深夜發布新聞稿反駁，該函只是檢察官交辦調查後，北部地區機動工作站所作的回報，並非法務部正式回函。檢察官調查結果顯示，賸餘款並非直接用於競選人事費用，而是先支付給木可公司及眾望基金會，再轉為員工薪資。由於木可屬營利事業，眾望屬公益法人，與選舉無涉，故不符「參加公職人員選舉使用」的目的。
北檢指出，總統大選結束後短期內並無選舉，相關支出也非屬擬參選人員的人事費用，因而認定涉有公益侵占嫌疑，已提起公訴。檢方強調，調查局的意見僅供參考，檢察官依法有權依職權判斷事實與法律適用，並不受調查報告拘束。
此外，民眾黨批評檢方在京華城與政治獻金案庭審時引用柯文哲手機LINE對話，疑為「人格追殺」。北檢則回應，這些訊息能證明柯文哲對民眾黨、基金會及木可公司財務有掌控能力，屬於重要證據，先前辯護人質疑「政治偵防」也已遭審判長駁回，顯示相關詰問與案情相關，並非侵犯隱私，呼籲勿再誤導輿論。
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