國安局前組長劉冠軍被控侵吞國安秘密經費及孳息約1.9億元，並於2000年從新竹南寮漁港偷渡離境、潛逃中國，至今下落不明。由於案件發生已久，一、二審均認定追訴權時效已在2025年4月21日屆滿，因此判決免訴。檢方不服提起上訴，但最高法院審理後認為原判決並無不當，最終駁回上訴，劉冠軍免訴確定。
國安局前組長劉冠軍被控掌管「奉天專案」秘密經費期間，利用資金未納入正常內控機制的漏洞，涉嫌透過辦理定存、短報利息等方式，侵占約1億9,000萬元公款孳息。案發後，劉冠軍於2000年9月自新竹南寮漁港偷渡前往中國，隨後遭到通緝。
一審台北地院認定，劉冠軍涉犯修正前《貪污治罪條例》，最重可處無期徒刑，追訴權時效原為20年。不過，由於劉冠軍逃亡遭通緝，導致案件審理無法進行，因此依法將追訴時效延長四分之一，合計為25年。一審原認定追訴權已於2025年2月24日完成，因此判決免訴。
檢方不服提起上訴，高等法院審理後認為，一審計算基準部分有誤，應將追訴權時效更正為2025年4月21日屆滿，但仍維持免訴判決。案件再上訴至最高法院後，認定二審對追訴時效的計算並無違誤，昨（9日）駁回檢方上訴，全案正式確定。
不過，劉冠軍除涉侵占公款外，另遭控攜帶「奉天」、「當陽」、「明德」等極機密文件赴中國，涉嫌投敵、協助中共解讀機密內容並從事間諜活動。國安局認為，他還曾向媒體洩漏外交專案經費內容，嚴重危害國安，因此已由高檢署依《陸海空軍刑法》投敵、間諜等罪持續通緝。
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