新冠肺炎疫情嚴峻，桃捷公司因應全國三級警戒，以及全國各級學校停課等措施，導致民眾搭乘機場捷運需求減少，經桃捷公司審慎評估疫情變化及旅客需求後，將於5/21至5/30實施離峰時間(上午9點至下午5點，下午7點至晚上10點)直達車不運行短期措施。由現行平日直達車95趟次調整為55趟次(假日則全時段為離峰時間)普通車則維持現有時刻表，以維持服務搭乘機場捷運通勤旅客，詳細時刻表請於20日上午10點至官網查詢。
桃捷表示，民眾減少城際之間移動，讓橫跨北北桃三大直轄市之桃園機場捷運運量相較於110年1至4月減少約61%。經過審慎評估、通盤檢討權衡市場供需後，務實調整營運資源實施「離峰時間直達車不運行短期措施」。因疫情影響，民眾若有相關票種退票需求亦請參考詳細退票辦法。未來，也將視疫情變化隨時滾動式檢討調整各項營運措施，並儘速對外公告，敬請旅客留意相關資訊，更期盼旅客給予支持和體諒。
全國進入新冠肺炎疫情三級警戒，桃園機捷全面升級防疫措施加強全線車站、列車、廠辦等清潔消毒作為。導入「長效型主動式消毒」作業，全線車隊已於5月3日完成，並於5月17日完成全線車站旅客常接觸設備及第一線執勤同仁工作場域升級消毒作業，全面提高旅客與員工安全乘車與工作環境。桃捷公司也再次呼籲旅客進入捷運站搭乘機捷務必全程佩戴口罩、進出車站使用75%酒精消毒、配合紅外線體溫量測機制、保持社交安全距離，安心搭乘機場捷運。
