針對媒體報導及環保團體指稱「第三座液化天然氣接收站工程造成淤泥覆蓋藻礁」的說法，台灣中油公司表示，藻礁區的淤沙屬自然現象，「沙來、沙往」會透過海流作用消退，這些現象早在三接施工之前就已出現，不論是G1或G2區都一樣；近期藻礁上出現淤泥，應是前段時間兩次颱風來襲，加上連日暴雨將陸地河川底泥沖刷到海域造成，和三接工程無關。
台灣中油指出，三接工程近期並無任何浚挖海床及抽砂作業，且均依規定設置污染防止膜，並未有漂沙導致藻礁被淤泥覆蓋。台灣中油提供9/6的空拍照片佐證，顯示現場棧橋施工並未造成汙染，施工前的照片紀錄也可佐證。
108年第三接收站開始施工，台灣中油即持續監測大潭藻礁G1、G2區的柴山多杯孔珊瑚，累積許多照片資料，發現夏季時因為時常出現暴雨，導致陸地的河川底泥或上游土石，會隨河水被沖到沿岸海域造成淤積現象，台灣中油研判近日藻礁被淤泥覆蓋，應與前一段時間煙花、盧碧颱風有關，雖未直接侵襲，但帶來持續性的暴雨，導致河川底泥被帶到鄰近海域有關，經一段時間洋流作用後，淤泥應該就會被海水帶走。
台灣中油調閱近幾年同一株柴山多杯孔珊瑚過去的照片，表示108年夏季也曾被淤泥覆蓋，後來經海流作用淤泥消退；另外大潭海岸 G1區，歷年來行政院農業委員會林務局農林航空測量所的衛星照片亦可證明，G1區有時被淤沙所覆蓋，有時也是裸露，「沙來、沙往」屬自然狀況。
歷年照片可證明，108年8/1 G2區編號G2-3-19的柴山多杯孔珊瑚明顯被泥沙覆蓋，到了109年9/21(圖5)淤泥退去，該株珊瑚又出現，今年4/29再次前往拍攝(圖6)，柴山多杯孔珊瑚已是清晰可見。台灣中油強調，藻礁被淤泥、漂沙覆蓋，應屬大自然現象；感謝環保團體所提出的建言和現象，台灣中油會持續進行觀測，並邀請專家學者研議。
