台灣中油公司日前澄清《藻礁之聲》紀錄片三點疑義，引述台灣海洋生態權威學者的觀點，卻引來藻礁公投聯盟的反彈，台灣中油強調，民主社會最珍貴的價值就是尊重多元不同的聲音，不僅科學求真的態度及學術研究成果應該受到保護，言論及思想自由更應該被保障，對於藻礁公投聯盟的批評除了表達遺憾，也對引用教授們的觀點，反而導致他們受到近似人身攻擊，深感歉意。
台灣中油再度提出質疑，指潮池原本就是魚蝦螃蟹類聚集的地方，如果以潮池中的生物量直接乘上整個藻礁區的面積，以此推估整個藻礁區有百萬隻螃蟹，顯有不宜；另有生態專家指出蟹類為雜食性，捕食藻類及其他生物，甚至也捕食其他蟹類為生，如果大潭地區有百萬隻螃蟹，該地區可能難有藻類及其他生物存在。
此外，有生物統計的學者們針對林惠真老師估算兇猛酋婦蟹16.4萬±25.8萬隻，小型相手蟹2137.3萬±3936.5萬隻，誤差值比推估值大，認為估算基礎恐不符統計學的基本原理，因為林老師的取樣方法所得到的資料並不符合常態分布，而是卜瓦松分布或負二項分布，不應以一般的常態分布統計方法來推估族群的數量，研判與其採樣方法不夠隨機、樣本數太少有關，同樣是以科學的角度理性探討，台灣中油誠摯呼籲大家能秉持科學精神論證、探討。
至於藻礁公投聯盟指出，「台灣中油認為『編定範圍』不是『使用範圍』，是在玩文字遊戲、愚弄廣大社會大眾，難道不使用此範圍，也不會行船了嗎？」，對此台灣中油表示，工業港「編定範圍」900多公頃，用於建置防波堤、碼頭及堤防總面積約僅45公頃，其餘水域為航道、迴船池等，三接一期完工後，平均每週約1航次LNG船進港卸載，船隻航行並不會影響水下魚類活動及生態。再以台灣中油高雄永安廠為例，目前平均2天有一航次LNG船進港，根據台灣中油水下攝影調查，港域內生態非常豐富，其他如麥寮港、台北港等也一樣，足見行船並不會影響港內生態。
針對藻礁公投聯盟指藻礁從岸往海延伸五公里水下都是藻礁，甚至開發單位自己做的海岸掃描報告得到的結果都一樣，台灣中油強調，這種說法並不正確，台灣中油委請專業公司、學術機構進行各種調查、鑽孔採取土樣分析研判以及科學調查分析結果顯示，藻礁分布範圍約僅及於水深18公尺左右，並非公投聯盟所稱的離岸5公里都是藻礁。台灣中油強調，三接能否續建攸關台灣能否進一步減煤、減碳、減空污、穩定供電，歡迎各界就各個相關領域提出科學辯證、理性討論，並尊重、珍惜不同領域學者的研究成果，希望在這樣的基礎及原則下，讓真理越辯越明，共同打造台灣的低碳新生活。
