財政部北區國稅局表示，跨國共同研究發展為現行產業創新潮流趨勢，依公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法第8條第3項規定，公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為的支出，如符合辦法之規定，並檢附以下文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，即可核實其研究發展支出。
國稅局指出，公司或有限合夥事業從事研究發展支出申請，適用投資抵減者，應再辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始的前3個月至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關申請審查研究發展活動是否符合前揭辦法第2條至第4條之規定資格條件；如有與國外公司共同研究發展之支出應併案申請專案認定。
國稅局舉例說明，甲公司107年度營利事業所得稅結算申報列報研究發展投資抵減支出新臺幣3,500萬元，可抵減稅額350萬元（3,500萬元×擇定抵減率10%，抵減3年），甲公司申請3項投資計畫經經濟部工業局審查具有「高度創新」，均符合前揭辦法第2條規定適用研究發展投資抵減；經審查研究發展計畫內容，發現其中1項研究發展作業與印度軟體公司合作開發，由印度軟體公司提出架構，甲公司負責研究發展設計並以印度軟體公司品牌銷售，因該項研究發展投資計畫未向經濟部工業局申請專案認定，與前述規定不符，因此該項研發計畫之支出1,100萬元，不適用研發投資抵減。
公司或有限合夥事業列報研究發展支出適用投資抵減稅額，應留意稅法及投資抵減辦法相關規定，才享有租稅優惠，公司如仍有不明瞭之處，可至國稅局網站查詢相關法令或撥打免費服務電話0800-000321洽詢。
