近年政府十分重視水庫清淤，109年清淤量為歷史最高，為歷年平均值2.6倍。石門及曾文水庫透過增加陸挖作業量能、增設抽泥船機組及擴大淤泥暫置區等方式，去年度石門及曾文水庫陸挖抽泥數量分別達到334萬及382萬立方公尺，已超過庫區入砂數量，庫容不減反增120萬及155萬立方公尺。主要水庫淤積率也從去年初29.48%，降低至29.44%。
水利署指出， 臺灣因地形陡峻、地質特性脆弱及地震頻繁等因素，颱風豪雨集水區挾帶巨量泥砂入庫，造成臺灣水庫淤積，傳統以挖土機清淤、卡車運輸方式受限道路運輸能量，過去較不重視清淤工作，使得過往存在清淤速度趕不上淤積速度的現象。
近年政府非常重視水庫永續經營，採用方法日新月異，與以往不可同日而語，除卡車運送外，以船運方式突破道路運輸限制。在採行水庫集水區保育、陸挖、抽泥及水力排砂等方式多管齊下，加上各項防淤或排砂隧道工程改造水庫陸續完成，如曾文水庫防淤隧道已於106年完工啟用、白河水庫防淤隧道已於108年完工、南化水庫防淤隧道預計110年6月視水情完成有水試運轉、石門水庫阿姆坪防淤隧道預計111年5月完成整體工程、白河水庫繞庫防淤隧道預計111年底完工等，將可大幅提高水庫於颱洪期間防淤能力。
