新冠肺炎疫情尚未趨緩，中央流行疫情指揮中心25日宣布全國三級警戒延長至6月14日，經桃捷公司審慎評估疫情變化及旅客需求，也同步延長離峰時間直達車不運行短期措施至6月14日(原措施至5月30日)。即日起至6月14日離峰時間（平日上午9點至下午5點、下午7點至晚上10點，假日全時段）直達車不運行，普通車則維持現有時刻表，以維持服務搭乘機場捷運通勤旅客。
桃捷表示，本土新冠肺炎疫情升溫，自5月15日中央流行疫情指揮中心宣布雙北三級警戒，呼籲民眾減少城際之間移動，讓橫跨北北桃三大直轄市的桃園機場捷運運量再下滑，經統計5月15日至5月26日平均日運量為16,053人次，相較110年1月至4月平均日運量，下降約66%；5月19日中央流行疫情指揮中心再宣布全國進入疫情三級警戒，以及全國各級學校停課等措施，讓民眾搭乘機場捷運需求再減少，經統計5月19日至5月26日平均日運量下滑至14,902人次，相較於110年1月至4月平均日運量，下降約68%。桃捷公司隨時掌握疫情變化，並滾動式通盤檢討、權衡市場供需且務實調整營運資源，相關營運資訊的調整也將儘速對外公告，期盼旅客給予支持和體諒。
為提供旅客及員工安全乘車及工作環境，隨著新冠肺炎本土疫情升溫，桃捷公司也強化防疫五大措施保障旅客和員工安全，從車站、廠辦、車廂加強清潔消毒並針對車廂及車站旅客常接觸之設施使用「長效型主動式消毒」作業以確保旅客搭乘環境安全；全體員工落實量測體溫、戴口罩健康自主管理之外，第一線工作人員(含清潔、保全)也採取分組值勤、不跨站支援、休息室分流、上班戴護目鏡等措施，行政人員也實施分區辦公、居家辦公、異地辦公、視訊會議減少接觸；全線車站設置紅外線熱像測溫儀及「簡訊實聯制QR Code」系統，確保完善體溫量測機制和足跡控管落實科技防疫；全線車站提供75%酒精供旅客消毒；旅客進入車站場域即須全程佩戴口罩，未戴口罩者地方政府可依傳染病防治法第70條第1項第3款規定，處以新台幣3千元以上1萬5千元以下罰鍰，希望有效防堵疫情維持公司正常營運。桃捷公司提供受疫情影響有相關退票需求旅客退票機制。
