為落實防疫，國道服務區依照中央疫情指揮中心及各縣市政府規定，執行各項措施，包含簡訊實聯制、人流管制、全程佩戴口罩及禁止內用等，高速公路局籲請用路人配合。此外也特別宣導「請多使用零接觸結帳」及「防疫車輛請先通報1968」。
為提供民眾更快、更便利的多元支付管道，高公局於107年在各服務區全數導入行動支付，近期因疫情嚴峻，「零接觸結帳」更是多數民眾的安全選項，進入服務區消費購物，拿出智慧型手機刷一下就能完成結帳，並能將電子發票存於載具，減少現金與紙本發票的傳遞，消費更安心。
高公局自疫情以來就規劃載有入境須居家檢疫者的防疫車輛，進入服務區需事先通報1968的SOP，由各服務區規劃指定停車位及獨立廁間，在使用後立即全面清潔消毒該停車位、公廁內外、行經路線等，並要求防疫車輛的乘客及司機均不得進入賣場，以區隔避免和一般用路人的動線接觸。因為有事先通報及全面清消，服務區才能將防疫工作做得更徹底，近期因需居家檢疫者已非僅入境者，也有許多非防疫車隊載運的情形，因此特別呼籲如有居家檢疫必需進入服務區如廁，請務必事先通報1968，並依防疫指引辦理。
國道服務區為用路人休憩、補給之重要場站，具有不特定之人潮聚集且旅客停留時間較長之特性，因應近期疫情升溫，各服務區已落實簡訊實聯制、人流管制以及下車後必須全程佩戴口罩等防疫措施，賣場目前僅提供必要之營運櫃位服務(如超商及簡易餐飲櫃位)，其中為配合各縣市政府規定，全數服務區均已禁止內用、無開放戶外飲食，用路人若有用餐需求，請外帶至家中或適當場所再用餐。目前並暫停提供駕駛人休息室、吸菸室、穆斯林祈禱室及淋浴等公共設施服務；服務區加強清潔消毒公廁及用路人常接觸的扶手、按鈕等重點區域。
