新冠疫情解封後，為應對新興傳染病的挑戰，衛福部醫福會執行長林慶豐、副執行長楊南屏及簡任技正林玉雯，在衛福部主秘張雍敏的見證下，與疾管署長莊仁祥、副署長羅一鈞及曾淑惠等簽署交流合作意向書。協議中涵蓋基隆醫院、台北醫院、樂生療養院、桃園醫院、桃園療養院、八里療養院、彰化醫院及胸腔病院等八家部立醫院。合作的核心目標是提高臨床感染症的照護品質、促進學術交流及傳染症專業人才的培育，不僅延續了新冠肺炎疫情期間兩機構的緊密合作，進一步加強醫療機構的綜合防疫能力及提升服務品質。
林慶豐表示，在對抗COVID-19疫情的艱困過程中，考驗著台灣的醫療系統及團隊的耐力和創新精神，感謝各部立醫院醫療人員全力投入保衛國民的辛勞，但抗疫路上深刻意識到單靠一個機構的力量是遠遠不夠的，因此醫福會與疾管署本次簽署合作意向書，期待更加緊密地協作，從臨床治療到疫苗研發，從公共衛生策略到疾病預防，將在各方面攜手合作培育人才，以更加強大的姿態面對任何未來的挑戰。
桃療提到，位居國門的桃療為因應新冠疫情所面臨的挑戰，毅然決然接受指揮中心指示，於2021年2月成立第一間集中檢疫所，協助高風險國家入境檢疫，以降低社區風險。此外，同年6月和10月分別成立了加強型集中檢疫所和全國唯一的院內型精神科集中檢疫所，進一步減輕了醫療系統的負擔，時任防疫長的賴建良表示，因為桃療的義無反顧與全力投入，有效降低了社區傳播風險。
桃療院長邱献章指出，當前醫療機構面臨著醫護人員短缺的挑戰，部立醫院更應展現「兄弟情、作伙拼、公家用、大家贏」的精神，期待在醫福會與疾管署簽署交流合作意向書後，更加激勵醫護人員，以達到鞏固全台醫療水準和服務品質的目標。
