臺鐵公司於4日清晨恢復開行往花、東列車，4日及5日二天東部幹線計開行470列次及51列次加班車，疏運12.2萬名旅客進出花東地區。雖然二天來餘震不斷，為確保安全臺鐵均依照規定將列車降速，或小區段停等待路線檢查完畢再行駛，但基本上均可維持路線暢通，部分列車晚分的幅度大約在20分鐘左右，整體列車準點率仍維持8成3以上。另因應台九線暫時中斷，臺鐵每日加開10列宜蘭-花蓮區間快車，兩天共疏運超過3200人次；建議北花旅客可以利用區間快車至宜蘭轉乘國道5客運，使行程更便捷。
臺鐵公司表示，配合蘇花海運車輛的車主及隨乘人員乘車需要，臺鐵協助蘇澳港至蘇澳新站以及花蓮港至花蓮站的轉乘旅客共疏運647人，轉乘過程均十分順利。
臺鐵公司提到，由於和平崇德災區亟需要救援人力及物資，臺鐵公司利用區間車運送救災人員到達和平及崇德災區，另將各界捐贈之大批救援物資運至和平站，由和平村村長董蓮怡及和平站人員將物資送往和平部落及和中部落。此外臺鐵公司另特開7403次及7557次二班貨列，以平車馱運中華電信維修工程車，及台水公司搶修工程車，由花蓮運抵和平。臺鐵公司感謝國軍出動協助車輛裝載捆綁作業，使鐵運車輛能迅速完成。